Природно-математички факултет сарађује са великим бројем јавних установа, удружења грађана и невладиних организација из домена образовања, екологије, заштите животне средине, туризма, просторног планирања и других области повезаних са природним наукама и математиком. У наредном периоду, наш Факултет планира да ојача и прошири сарадњу и са другим установама које су заинтересоване за реализацију заједничких активности. У наставку су наведене институције са којима Факултет има остварену сарадњу.
Образовне институције:
- ЈУ Гимназија Бања Лука
- ЈУ ОШ Бранко Радичевић, Бања Лука
- ЈУ ОШ Змај Јова Јовановић, Бања Лука
- ЈУ ОШ Борисав Станковић, Бања Лука
Јавне установе:
- ЈУ Туристичка организација Републике Српске
- Управа за индиректно опорезивање Босне и Херцеговине
- Републички завод за заштиту културно-историјског и природног насљеђа, Бања Лука
- Републички хидрометоролошки завод, Бања Лука
- ЈЗУ Институт за јавно здравство Републике Српске, Бања Лука
- ЈУ Ветеринарски завод Републике Српске „Др Васо Бутозан“, Бања Лука
- JУ Институт за урбанизам, грађевинарство и екологију Републике Српске
- ЈУ Музеј Републике Српске
- Републички педагошки завод Републике Српске
- Републички завод за статистику
- Републичка управа за геодетске и имовинско-правне послове
- Фонд за заштиту животне средине и енергетску ефикасност Републике Српске
Друштва и организације:
- Друштво математичара Града Бања Лука
- Друштво Просторних планера у Републици Српској
- Центар за демографска истраживања
- Спортско риболовно друштво Бања Лука
- Интернационални Медицински центар – Центар за радиотерапију, Бања Лука
- Центар за животну средину, Бања Лука
- Save the Children, Сјеверозападни Балкан
- Центар за животну средину и уређење простора, Бања Лука
- Центар за климатска истраживања, Бања Лука