Природно-математички факултет интензивно сарађује са сродним факултетима из региона. Сарадња се одвија кроз заједнички научно-истраживачки рад и наставни процес. Природно-математички факултет има остварену сарадњу са сљедећим институцијама:
Факултети:
- Биолошки факултет, Универзитет у Београду
- Географски факултет, Универзитет у Београду
- Математички факултет, Универзитет у Београду
- Физички факултет, Универзитет у Београду
- Хемијски факултет, Универзитет у Београду
- Природно-математички факултет, Универзитет у Новом Саду
- Факултет техничких наука, Универзитет у Новом Саду
- Природно-математички факултет, Универзитета у Крагујевцу
- Универзитет у Источном Сарајеву
- Природно-математички факултет, Универзитет у Сарајеву
- Природно-математички факултет, Универзитета у Тузли
- Факултет за биофарминг Бачка Топола, Мегатренд универзитет Београд
- Факултет за поморство, Котор
- Филозофски факултет, Универзитет Црне Горе
- Висока школа за туризам и хотелијерство, Требиње
Научни институти:
- Научни институт за ветеринарство Србије, Београд
- Бајкалски институт за управљање природом Сибирског одјељења Руске академије наука
- Институт за мјеритељство Босне и Херцеговине
- Институт за мултидисциплинарна истраживања, Универзитет у Београду
- Институт за физику Земун
- Институт за физику Винча
- Математички институт САНУ
- Матица српске Нови Сад
- Географски институт Јован Цвијић, Београд
- Пољопривредни институт Републике Српске, Бања Лука