Prirodno-matematički fakultet intenzivno sarađuje sa srodnim fakultetima iz regiona. Saradnja se odvija kroz zajednički naučno-istraživački rad i nastavni proces. Prirodno-matematički fakultet ima ostvarenu saradnju sa sljedećim institucijama:
Fakulteti:
- Biološki fakultet, Univerzitet u Beogradu
- Geografski fakultet, Univerzitet u Beogradu
- Matematički fakultet, Univerzitet u Beogradu
- Fizički fakultet, Univerzitet u Beogradu
- Hemijski fakultet, Univerzitet u Beogradu
- Prirodno-matematički fakultet, Univerzitet u Novom Sadu
- Fakultet tehničkih nauka, Univerzitet u Novom Sadu
- Prirodno-matematički fakultet, Univerziteta u Kragujevcu
- Univerzitet u Istočnom Sarajevu
- Prirodno-matematički fakultet, Univerzitet u Sarajevu
- Prirodno-matematički fakultet, Univerziteta u Tuzli
- Fakultet za biofarming Bačka Topola, Megatrend univerzitet Beograd
- Fakultet za pomorstvo, Kotor
- Filozofski fakultet, Univerzitet Crne Gore
- Visoka škola za turizam i hotelijerstvo, Trebinje
Naučni instituti:
- Naučni institut za veterinarstvo Srbije, Beograd
- Bajkalski institut za upravljanje prirodom Sibirskog odjeljenja Ruske akademije nauka
- Institut za mjeriteljstvo Bosne i Hercegovine
- Institut za multidisciplinarna istraživanja, Univerzitet u Beogradu
- Institut za fiziku Zemun
- Institut za fiziku Vinča
- Matematički institut SANU
- Matica srpske Novi Sad
- Geografski institut Jovan Cvijić, Beograd
- Poljoprivredni institut Republike Srpske, Banja Luka